《宇宙骑士II》的故事发生在第一次拉达姆之战结束十年后。此时，人类已经掌握铁加曼系统，并以在那场战争中被素体化的人类为基础，着手重建这一系统。然而，拉达姆并未因上次战败而放弃，它派出大批舰队驶向地球，并在太阳系外围与地球防卫军展开激烈交战。为了迎战新的敌人，宇宙骑士队重新组建，同时开始制造新一代铁加曼。第二部中，由美、大卫和娜塔沙作为新的主角登场，亚纪则成为重组后的宇宙骑士队队长。至于第一部的英雄D-BOY，他成为宇宙骑士队的精神象征，但人们所知道的，只有十年前那场战役中，他与月球基地一同消失在天际的残酷事实。故事也由此拉开序幕。
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