忍者战队隐连者讲述了新战国时代的故事。忍者们与妖怪展开激烈战斗，战斗最终，猿飞佐助率领五名忍者，借助无敌将军三神将赐予的“封印之门”，成功将妖怪总司令以及妖怪们赖以生存的能源封印其中。
失去能源后融入人类社会的妖怪河童，为了重新打开封印之门，欺骗了猿飞佐助的后代佐助和雾隐才藏的后代才藏，使他们开启了位于东京湾的封印之门。一直守护着祖先世代封印之门血脉的少女鹤姬，决定与佐助、才藏、三好入道清海的后代清海，以及从美国归来的见雷也的后代见雷也并肩作战。五百年后，他们将如同祖先一样，再次踏上封印妖怪的旅程，并一边经营绉纱衬衣店，一边持续与妖怪展开战斗。
