《黄飞鸿之英雄有梦》将故事置于清朝同治年间。彼时，古老帝国日渐衰败，作为重要通商口岸的广州珠江口仍沉浸在最后的繁华之中，却也充斥着血腥的争斗。码头上，黑虎帮与北海帮横行霸道、厮杀不断，生活在最底层的劳工则饱受欺压，随时可能丧命。
自幼习武的阿飞黄飞鸿（彭于晏 饰）已在黑虎帮中潜伏、混迹了五六年。他以死士的身份取下北海帮主的首级，因而被黑虎帮老大雷公（洪金宝 饰）收为第四个义子。雷公为人残酷狠毒，手下三个义子同样心肠歹毒，为了牟利不惜逼良为娼、草菅人命。凭借出众的武艺，阿飞很快在帮中崭露头角，成为令人闻风丧胆的猛将。然而，在接连不断的杀戮背后，他似乎还隐藏着一个不为人知的秘密。
与此同时，一群父兄被黑虎帮卖到海外、无依无靠的孩子，在赤火（井柏然 饰）和阿春（王珞丹 饰）等人的号召下组成了孤儿帮。他们正酝酿着一场复仇，准备向与自己有着血海深仇的黑虎帮展开反击。
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