《侠影仙踪》讲述了干将、莫邪夫妇在春秋时期以毕生心血、生命和旷世爱情铸成雌雄双剑的传说。吴王为夺神剑步步紧逼，夫妻二人不愿分离，双剑最终化作清烟，消失于尘世。此后千百年间，世人始终未曾停止寻找它们的踪迹。
一千年后，中国正处于大分裂时期。汉族正统政权东晋遭到匈奴等少数民族政权的围困，只能偏安江南。年轻的太后带着年幼的小皇帝艰难维系朝局，太师曹安则权倾朝野，野心勃勃。得道高人赤松道长预言，若想化解东晋即将面临的政权浩劫，必须在天意注定的挚情时刻，唤醒沉睡千年的干将莫邪神剑。
民间神医黄初平与恋人柳一夕意外救下了遭曹太师暗算的太后。曹安恼羞成怒，随即与后赵奸细勾结，以巫术操控柳一夕的心智，企图借此牵制小皇帝。面对被邪恶力量侵蚀、变得凶戾异常的恋人，黄初平被迫卷入接连不断的阴谋与斗争之中，也由此踏上了乱世行医济世、拯救苍生的道路。
在赤松道长的指引和王羲之的熏陶下，黄初平历经各方势力的较量与重重磨难，终于唤醒了柳一夕深藏的人性。当两人心血相融，传说中的干将莫邪被瞬间激发，挚情化作神力，双剑合璧，所向无敌。黄初平完成了天意赋予的使命，平息了这场足以颠覆东晋的大浩劫。最终，他藏剑而去，并在赤松道长的点化下叱石成羊，得道成仙。
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