《康熙情锁金殿》以顺治年间为背景。前明长平公主、出家后被称为独臂神尼的她，为实现反清复明，借朝廷寻访忠臣遗孤孔四贞之机，派遣才智出众、武艺高强的爱徒嘉三冒充孔家遗孤潜入宫中，伺机刺杀顺治。
入宫后，嘉三深受孝庄皇太后喜爱，被收为义女并册封为和硕公主。看似富丽堂皇的皇宫暗藏重重危机，她历经多番劫难，最终凭借机智以及太后的庇护，逐渐取得顺治的信任。在悉心照料玄烨，也就是后来的康熙帝时，她更对这位未来的千古圣君产生了深厚感情。就在嘉三犹豫是否要向顺治下手之际，顺治的宠妃董小宛病重不治，顺治随之驾崩，玄烨登基，成为康熙帝。
康熙即位后，朝局依旧危机四伏。鳌拜野心勃勃，企图篡权逼宫；平西王吴三桂也在西南暗中蠢动。冒充孔四贞的嘉三协助康熙铲除鳌拜，携手渡过难关，两人的感情也在相处中逐渐加深。正当婚事将近之时，手握兵权的封疆大吏孙延龄以与孔四贞早有指腹婚约为由，向朝廷施压，要求履行婚约。与此同时，康熙结识的民间才智之士伍次友，意外遇见了自己倾慕已久的孔四贞，却不知道眼前的她才是真正被独臂神尼秘密保护的孔家遗孤。错综复杂的身世、情感与权力纠葛最终将如何化解，也由此展开了一段围绕康熙成就帝业以及其背后隐秘爱情的传奇故事。
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