《医妃难囚第三季》讲述了兰若溪为化解东临危机，以暗卫身份救出热布风巽，却被南炎世子热布哈迪误认为叛贼，面临问斩。由于太医无法解开热布风巽身上的毒，医术精湛的兰若溪得以暂时保住性命，并在治疗过程中逐渐赢得热布哈迪的关注与倾心。
与此同时，东临太子亓凌霄为了救回兰若溪，易容成侠医顾西风潜入南炎。在兰若溪的坚持下，他决定先与她联手救醒热布风巽，却也因此与热布哈迪展开了一场针锋相对的追求。另一边，楼塞公主倾城为报仇雪恨，与影卫团暗中合作，挑拨南炎与东临的关系，使两国大战一触即发。危急关头，在兰若溪和热布风巽的帮助下，亓凌霄与热布哈迪放下成见、化敌为友，携手粉碎楼塞的阴谋。最终，热布哈迪选择牺牲自己，成全了兰若溪与亓凌霄的感情。
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