《两个人的小森林》讲述了植物学教授庄羽与乡村女孩虞美人之间久别重逢的故事。庄羽多年专注于黄花蒿培育研究，对世俗名利和人际交往始终冷淡，也因此在无意间伤害了早已对他心生好感的虞美人。多年后，虞美人凭借优异成绩取得鸟类学博士学位，却因不愿承受科研压力转行成为时尚博主，并在一次意外中与庄羽再次发生冲突。
为了开展野外调研，庄羽来到清水村，恰巧入住虞美人家经营的民宿。在虞美人的帮助下，他的科研工作逐渐取得进展，也在相处过程中感受到植物无法给予的爱与温暖。与此同时，庄羽对学术的执着也感染了虞美人，让她重新认识到自身肩负的责任，决心运用所学回馈家乡。一个专注科研、不断攻克难题，一个积极倡导环保、努力守护故土，两个起点不同的年轻人因建设祖国、建设家乡的共同理想走到一起，最终携手同行。
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