《碧奇魂》讲述了一个隐藏在人类历史与传说背后的秘密：那些被称作妖魔鬼怪的存在，其真实身份竟是植物生命体，日本传说中的荒神也属于这一族。传说中被放逐出高天原的天照大神之弟须佐之男，正是荒神的首领；而他当年从八歧大蛇口中救出的少女奇稻田姬，则以转生的方式延续至今，成为专门封锁荒神力量的巫女。
只要奇稻田姬无法自然死亡，日本境内的荒神便会在同一时间全部死去；可只要她仍然活着，荒神的力量也会受到压制。因此，历代奇稻田姬都在政府的严密监护下生活，荒神们也始终陷入既想杀死她、又必须保护她的矛盾之中。
轮到藤宫红叶这一代时，局势出现了新的变化。奇稻田姬的力量由一对双胞胎姐妹红叶和枫共同继承。随着封印逐渐减弱，荒神的力量开始复苏，沉睡已久的须佐之男也随之慢慢醒来。为了摆脱奇稻田姬的束缚，荒神们制造出一个结界，准备在其中杀死红叶。然而，一个名叫草雉的神秘少年却打算抢在荒神之前动手。
原来，草雉是荒神制造的秘密武器。八歧大蛇曾将荒神之力注入一个人类孩子体内，而这个孩子正是草雉。为了挣脱荒神的控制，他决定先杀死红叶，让所有荒神随之灭亡。可是随着相处加深，他对红叶逐渐产生了超越原本目的的感情。
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