《同窗》讲述了李明勋（崔胜贤 饰）的故事。他的父亲是一名南派间谍，却因遭人陷害含冤而死。父亲去世后，李明勋和妹妹惠仁（金裕贞 饰）作为其子女受到当局粗暴对待，并因被怀疑通敌而身陷囹圄，生活陷入绝境。
为了保护妹妹，原本善良正直的李明勋不得不接替父亲的任务，被迫接受残酷艰苦的训练，成为冷酷无情的间谍。随后，他乔装成高中生潜入南韩，任务是刺杀一名代号“北斗星”的技术者。在学校里，他结识了女孩慧仁（韩艺璃 饰），两人相处之中逐渐产生感情。然而，李明勋清楚自己的特殊身份注定让这段感情难有美好结局，而他的存在甚至可能给慧仁带来杀身之祸。
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