《终极密码战》中，阿特（布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰）是一名能力出众却个性鲜明的FBI探员。由于不受上司赏识，他不仅没能获得认可，反而被降职。一次行动中，阿特奉命寻找九岁男孩西蒙（米克·休吉斯 Miko Hughes 饰）。然而，凶残的杀手先一步闯入西蒙家中，杀害了他的父母，西蒙则躲进衣柜，侥幸逃过一劫。
西蒙虽然年幼，却展现出惊人的数学天赋。一次偶然的机会，他破解了美国军方的情报密码，也因此成为杀手们追杀的目标。阿特及时救出西蒙，但两人很快便陷入接踵而至的危险之中。面对无休止的追捕，阿特能否保护西蒙，并将他安全带离险境？
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