给工藤新一的挑战书~离别前的序章讲述了工藤新一（小栗旬）收到神秘挑战书后的经历。信中预告，他的同学将在修学旅行乘坐的船上遭到绑架；如果新一无法保护同学，就必须放弃高中生名侦探的称号。原本对修学旅行毫无兴趣的新一因此改变计划，第二天赶到学校，与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）以及班上约30名同学一同出发。众人刚登上旅行用船，新一便对代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）和船员南田恭介（西村和彦）等人提高警惕。然而，园子还是在不知不觉间突然失踪。调查暂时没有进展之际，新一又接到了新的绑架预告电话。
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