《变异编年史》讲述了2707年的未来世界。届时，人类社会被四个权力体瓜分：三岛统治东方，鲍豪斯控制欧洲，伊比里奥掌控非洲，卡比特尔则统治美洲。随着地球能源濒临枯竭，疾病与灾难接连不断，四大权力体为了争夺稀缺资源长期交战，彼此势力也在战争中不断消长。
鲍豪斯与卡比特尔交战期间，一场猛烈爆炸意外摧毁了沉睡已久的古老封印，双方士兵随即遭遇了更可怕的敌人——残暴嗜血的变异人。原来，战火无意中重新启动了一台来自冰河时代末期、源自外太空的神秘机器。它能够将人类转化为失去人性、极度凶残的变异人，而且这种变化还会像病毒一样迅速扩散。
面对地球即将陷入毁灭的危机，四大权力体的统治者选择抛弃地球，独自逃亡。留下的幸存者只能寻找神秘的古老兄弟会，并追寻他们所守护的编年史，希望从中找到彻底消灭变异人的方法。
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