《孤胆义侠》将故事设定在距今一万年前的美洲。阿卡尼文明曾盛极一时，他们相信世界由光明与黑暗构成，两个世界之间还存在一扇能够彼此连通的门。传说阿卡尼人曾打开这扇门，导致魔物涌入人间，而这个文明也在此后神秘消亡。
20世纪60年代，政府成立超自然研究部门713局，并派遣莱昂内尔·哈金斯博士（Matthew Walker 饰）研究阿卡尼文明。然而，他的研究后来被推翻。哈金斯隐居在一座小岛上，暗中对儿童进行残酷实验，试图让他们与魔物融为一体。
进入21世纪后，各地陆续发生儿童失踪事件。超自然现象调查员爱德华·卡比（Christian Slater 饰）奉命前往小岛展开调查，却刚抵达机场便遭到神秘人物袭击。面对隐藏在岛上的重重危险，他的调查之旅注定充满艰险。
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