《忍者兵》讲述了富家少爷郝笑文带着途中结识的侍女丑妹，和随后来到的释小宝、小莹一起进入忍者学校学习的故事。唯利是图的学校对郝笑文敞开大门，小宝和小莹却只能凭借实力争取入学机会。四个性格顽皮的孩子在忍者老师一元、二次的指导下学习忍术，也把手里剑、潜水、吃饭等日常训练变成一场场令人捧腹的恶作剧。就连催泪弹，也被他们当成哭丧赚钱的秘密武器，连校长都屡屡败在他们手中。
一天，一名自称绝世忍者的大叔来到学校拜访。原来，他十年前在忍者比赛中落败后便一蹶不振，多年来苦练忍术，只为寻找当年的劲敌，而那名对手竟然正是一元老师。面对大叔的求助，四个小家伙将如何应对？
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