神秘群岛讲述了神秘小说作家瑞秋（黛咪•摩尔饰）的故事。她常年位居畅销书排行榜前列，却因5岁儿子在玩耍时意外溺亡，始终无法再回到那个充满回忆的旧居。为了重新开始生活与创作，她独自前往一座偏僻的渔村，在好友细致周到的安排下，住进了一所小房子。
这个宁静的渔村里，有据称能够通灵的神婆、待人友善的酒吧老板，以及远处小岛上忽明忽暗的灯塔。瑞秋的生活似乎逐渐恢复平静。一天，她在小岛上邂逅了一名英俊而不羁的男子，两人很快陷入热恋。然而，到了第二天约定见面的时间，男子却始终没有出现。瑞秋四处寻找、打听他的下落，村民却告诉她，这个男人根本不存在，一切都只是她的幻觉。
小岛上究竟隐藏着怎样的秘密？瑞秋所经历的超自然现象是真实存在，还是一场早已精心策划的骗局？
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