女娲大神为造福苍生创造的神兵兽，在神兵小将2中再次迎来严峻挑战。黑暗势力元始天魔费尽心机，将神兵小将和神兽们引到神秘岛国山外山，企图利用他们的纯洁与正义，取得五大守护圣兽的信任，再让圣兽把圣洁力量交给问天和天晶兽。随后，无敌盟主将伺机夺走这股力量，以解除自身封印。一旦计划得逞，美丽的宇宙将陷入毁灭危机。
结束山外山的冒险后，问天等人又前往神兽之乡，并进入神兽学校修炼，没想到意外卷入一场布偶战争。布偶王子妄图将所有神兽变成木偶，而经过深入调查，众人才发现，这位看似邪恶的布偶王子其实是宽容与纯真的兄弟。与此同时，幕后主使坏蛋三兄弟和盖世太保，正是将宽容等人的三兄弟拆散的邪恶神兽。布偶王子背叛他们后，坏蛋三兄弟和盖世太保趁机将他绑架。面对接连不断的危机，问天一行人能否化解困境，救出布偶王子？
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