《流浪细菌：亦敌亦友话细菌》以两条相互交织的故事线，展现一群流浪细菌进入人体后的经历，以及一位普通人从细菌感染、患病到最终痊愈的过程。影片从人类与细菌两种微观视角出发，以日常生活中无时无刻不在发生的细节为切入点，追溯人与细菌上千年的共存与斗争历史。它不把细菌简单定义为绝对的敌人，也不将人类视为单纯的受害者，而是以科学、辩证的方式揭示双方亦敌亦友的复杂关系。同时，影片还围绕抗生素滥用和超级细菌等问题进行科学解答，指出超级细菌等现象的形成，恰恰与人类自身的行为密切相关。
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