《我家的英雄电影版》的故事发生在电视剧大结局七年之后。电视剧最终回中，哲雄藏在山里的尸体因山体滑坡而重见天日，警方由此认定这是一起凶杀案。此时，已经成为刑警并被分配到警视厅搜查一课的爱女零花，开始对哲雄产生怀疑。
与此同时，以洼为首的半堕落犯罪组织再次将哲雄视为目标，并展开行动。曾经落入哲雄圈套、被诬陷后过着逃亡生活的恭一，也再次现身。杀人犯的父亲、身为警察的女儿，以及半堕落犯罪组织，三方冲突让哲雄在电视剧中的危机之后，再度陷入更加绝望的境地。为了守护深爱的家人，这位父亲迎来了最后一战。
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