《如宝物般的玻璃珠》改编自同名漫画，讲述了发生在高三那个夏天的故事。宝曾安慰过哭泣的大进，这件事一直让大进难以忘怀。后来，大进从福冈一路追到宝就读的东京大学，只为再次见到他。起初，大进并不明白自己对宝抱有怎样的感情，但在相处过程中，他渐渐对宝产生了情愫。
一天迎新聚餐后，大进喝醉了，宝将他带回公寓照顾。借着醉意，大进向宝告白。第二天清晨，宝吻了吓得脸色苍白的大进，并说道：“接吻的感觉不糟，所以就和你交往吧。”两人开始长时间相处后，宝却产生了想回到自己住处的念头。
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