《赤色危机》讲述一位著名宗教大师前往亚洲国家博玛向信众演讲，随行的有多名高僧、随从，以及年轻貌美、身手不凡的私人女保镖亦凡（Phoenix V.）。负责保安工作的总指挥（林栋甫）奉命接待大师，却不料叛军组织PLM认定大师的到访会破坏他们的计划，于是派出刺客行刺。亦凡虽然及时赶到，大师仍不幸身受重伤。
大师急需接受手术，但由于血型极为罕见，博玛境内符合条件的捐血者寥寥无几。PLM首领林朴（任达华）得知捐血者名单后，命令得力助手君狄（裴蓓）逐一追杀这些人。眼看时间所剩无几，亦凡决定独自闯入连军队都不愿前往的PLM占领区，寻找最后一名幸存的捐血者——曾是特种部队成员、如今酗酒颓废的尊狄勒文。
尊狄勒文起初对亦凡的请求置之不理，直到两人遭到PLM袭击，他才不得不相信她的话。性格与背景截然不同的两人由此踏上险象环生的旅程，想尽办法躲避PLM的追杀。
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