《民国秘闻之天谴图腾》讲述了民国时期发生在永福村的一桩重大命案。由于警局体制陈旧、办事不力，案件被推给了侦探社，侦探社社长却临阵跑路，只留下满心想要侦破大案的女侦探周怡（周梦饰）。陷入迷茫的周怡在得到高人指点后，前往县城监狱，见到了风流倜傥的神探姚杰斯（彭敬慈饰），并请他协助自己查明真相。
随着调查逐渐深入，永福村命案刚刚露出端倪，村中便接连有人丧命。祠堂里神秘诡异的图腾、拒不配合调查的刁蛮村民，以及作案时不留下指纹的嫌疑人，让这起案件愈发扑朔迷离。面对层层交织的线索与接连而来的危机，周怡和姚杰斯数度陷入绝境。
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