《我们的雨色协议》讲述了高中二年级学生时野谷瞬的故事。父亲因事故去世、妹妹又在事故中受伤后，瞬放弃了曾经热爱的游戏，与母亲和妹妹一起生活，并在电子竞技咖啡馆“FOX ONE”工作。
一边与青梅竹马的游戏好友保持联系，一边忙于打工和学习的瞬，某天得知“FOX ONE”背负着巨额债务。为了偿还债务，他与伙伴们共同向“扎克塞里昂锦标赛”的冠军发起挑战，希望赢得奖金。
怀着复杂而内疚的心情，瞬重新回到线上游戏的世界。等待着他的，是曾经与他并肩游戏的“爆裂君”。在一连串未知的相遇与经历中，瞬与伙伴们迎来激烈的战斗，也在烦恼与挣扎中不断前进。
从游戏开始延伸出的全新世界，讲述了瞬与家人、伙伴们共同走过的故事。
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