《百妖传之九天玄玉》讲述了平安镇突发连环奇案的故事。此前，这座小镇从未发生过命案，而妖王护法混沌老妖却在此时逃脱封印，令天下风云骤变，百妖纷纷现世。
胆小怕事的小捕快黄河楼生活困顿，不受县太爷重视，连心仪的酒楼老板莲柔也对他态度忽冷忽热。失意之际，他遭到蛇精诱惑，险些丧命，幸亏外公王远知及时出手相救。黄河楼也因此得知，自己肩负着重新封印妖王的使命。王远知将降妖除魔之术传授给他，并把教派至宝九天玄玉和《百妖全书》交到他手中。
借助九天玄玉的力量，黄河楼接连降伏狐妖、蝶妖等妖物。历经重重波折后，他终于逃出混沌老妖的魔掌。然而，兔妖却冒充莲柔，企图夺走九天玄玉；与此同时，混沌老妖也得知能够利用黄河楼的身份成为新的妖王。危急关头，王远知再次救下黄河楼，助他驱逐妖孽，守护苍生。
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