《扫毒》讲述了马昊天（刘青云 饰）、张子伟（张家辉 饰）和苏建秋（古天乐 饰）三人自幼相识，长大后共同成为警队扫毒科成员的故事。一次行动临时改变计划，建秋的卧底身份使他无法与妻子（袁泉 饰）过上正常生活，也因此萌生了退出的念头。在阿天和子伟的劝说下，三人决定放手一搏，完成最后一次任务。
建秋跟随毒贩老大黑柴（林国斌 饰）前往泰国，与毒贩Bobby（卢惠光 饰）接头，目标是见到幕后大毒枭“八面佛”（卢海鹏 饰）；阿天则与子伟及同事阿益（吴廷烨 饰）一路跟进。由于泰国警方配合不力，建秋的身份不幸暴露。尽管他答应阿天继续完成交易，但失败的危机早已悄然埋下。
交易当天，警方几乎全军覆没。生死关头，阿天挟持八面佛的女儿缅娜（宝儿 饰）试图逃生。八面佛提出条件：只要阿天归还缅娜，便允许他带走建秋和子伟中的一人，而没有被选中的那个人将被推进鳄鱼池。面对这场残酷的抉择，阿天陷入了进退两难的境地。
