《精英部队2：大敌当前》讲述了拉西欧监狱暴动四年后，里约热内卢州各方命运发生改变的故事。这场震动社会的事件让直接领导精英部队（BOPE）的罗伯特·纳西贝托中校（Wagner Moura 饰）升任安全局副秘书长，获得了更大的权力与施展空间；他的得力部下安德鲁·马蒂亚斯（André Ramiro 饰）却被政客推出来承担责任，最终被逐出BOPE。
面对政界、昔日战友以及家人的多重压力，纳西贝托将愤怒投入工作之中。他扩充并强化BOPE的力量，以强硬手段接连打击贫民区的毒贩势力，使当地毒贩逐渐销声匿迹。然而，表面的平静并没有驱散潜藏的黑暗。以罗卡（Sandro Rocha 饰）为首的一批腐败警察进入贫民窟，他们仗势欺人、横行霸道，与犯罪势力相互勾结，成为里约热内卢州又一个难以根除的顽疾。
