《末代天师国语》的故事发生在民初。方岚（杜德伟）、林文峰（陈庭威）和陆长安（许志安）三个年轻天师不甘一辈子困守穷乡、承继父业，决定一同前往龙城县闯荡。三人机缘巧合获得一笔巨款，便合资开设西茶室，展开全新生活。
方岚在龙城县结识了县长叶泉（杨泽霖）的女儿叶嘉欣（李婉华），两人互生情愫，却因身份悬殊而屡受阻碍。后来黎月嫦（何美婷）介入其中，三人的感情逐渐演变成一段复杂的三角恋。林文峰则爱上富家小姐罗美娥（蔡嘉利），但罗美娥崇尚洋派，对他不屑一顾。直到罗家破产，文峰一直陪伴并照顾她，最终终于打动了她的心。
另一方面，县长秘书姜文（欧瑞伟）暗中策划复仇夺位，狄英（骆应钧）则为了报仇，企图杀死方庆（林蛟）和林荣（秦煌）。两人联手利用僵尸四处作恶，后来更与盗墓贼韦约翰（戴志卫）勾结，令龙城县陷入一片混乱。叶嘉欣也被他们利用，亲手杀死自己的父亲；陆长安和爱人小梅更惨遭杀害。面对接连而来的阴谋与悲剧，方岚和林文峰决定为公义、也为私仇，与姜文抗争到底。
