《高粱红了》讲述了抗战胜利后，山东老区组建的四连护送工作队奔赴南满塔河地区、建立新的民主政权的故事。刚刚升任指导员的林玉生（朱亚文饰）带队行进时遭到敌人伏击，部队损失惨重，女队员秋英（甘婷婷饰）也在战斗中失踪。由于长时间搜寻无果，大家认定她已经牺牲。事实上，秋英成功脱险后一直在寻找林玉生，却总是与他一次次擦肩而过。两人重逢后，依旧延续着从前那种争强好胜、彼此较劲的相处模式。
辽沈战役前夕，随着主力部队战略转移，四连军心渐渐不稳，军纪问题、感情纠葛以及上下级矛盾接连出现。面对困扰部队的种种难题，林玉生逢山开路、遇水搭桥，逐步将问题化解。他也希望用实际行动向秋英证明，自己已经成长为一名合格的指导员。
