《神探狄仁杰2》由《关河疑影》《蛇灵》《血色江州》三个悬疑迭起、惊险曲折的故事组成。
故事发生在武周年间，契丹入侵，边境烽火不断。武则天（吕中饰）任命狄仁杰（梁冠华饰）为河北道行军大总管，负责查明边情失利的真正原因。《蛇灵》中，蛇灵逆党卷土重来，阴谋再起，围绕刺杀与保卫展开了一场激烈较量。《血色江州》则聚焦江州接连发生的血案，狄仁杰与护卫李元芳（张子健饰）抽丝剥茧、顺藤摸瓜，逐步揭开案件真相，找出真正残害百姓的幕后恶魔。
在扑朔迷离的悬疑案件和惊险紧张的情节之外，本剧还融入了丰富的情感线索，包括李元芳与狄如燕之间的感情、狄仁杰与曾泰之间的师生情谊，以及武则天与狄仁杰之间复杂的君臣关系，为接连不断的危机与查案过程增添了温情与人情味。
