《上海迷雾》讲述了东北沦陷后，上海滩局势日益紧张的故事。面对国共合作呼声高涨，日本特高课不断从中挑拨、破坏。一箱突然出现的红药，让原本错综复杂的局势更加扑朔迷离，也悄然改变了许多人的命运。
军火在众目睽睽之下被炸，军统银行四元钱庄无故亏空，上海滩大亨陆生的烟土竟在自己的地盘上遭到劫掠；他的得力助手胡子明被抛尸江中，军火案目击者李连长也被暗杀。李连长之死不仅暴露了陆生的运货路线，还牵连出替陆生运送烟土的爱国画家杨公民，并导致杨公民被捕。
接连发生的事件令陆生和军统处长吴起寝食难安。陆生损失惨重，而混在烟土中的那箱药，更使他背上了通共的嫌疑，也让他与吴起之间的误会不断加深。老谋深算的吴起善于调动手下，让跟随自己多年的龚胜负责筹措军费，又启用情报精英王一川，任命他为特别行动小组组长，负责调查杨公民一案。然而，王一川高涨的爱国热情逐渐超出吴起的掌控，也让吴起感到棘手。
王一川踏入上海后，便卷入了与龚胜、杜凤、涂经纬等人的复杂纠葛。龚胜嫉妒他受到吴起重用，涂经纬则因他与杜凤走近而心生怨恨；而风情万种的杜凤，也让王一川渐渐无法自拔。
在上海滩纵横十几年的陆生，始终想不明白究竟是谁敢在太岁头上动土。更让他恼火的是，自己寄予厚望的大弟子涂经纬被记者杜凤迷得神魂颠倒，还一味袒护这个屡屡向他挑衅的……
