故事发生在台湾光复后的1946年。海南一处码头上，曾被日军掳往海南做苦工的台湾劳工林志雄，终于带着身怀六甲的妻子阿清登上安祥号轮船，踏上返乡之路。然而航行途中，安祥号突然失去动力，这艘载满劳工的旧船陷入困境。与此同时，阿清即将临盆，在风雨交加之际生下一对双胞胎儿子，林海安和林海祥。
返乡在即，林志雄夫妇无奈将亲生儿子林海祥留在湄洲岛，随后怀着难以割舍的情感离开湄洲，返回台湾。从此，两家人隔海相望，彼此牵挂，长达五十多年未曾相见。
多年后，林海安的儿子林永吉随台湾妈祖信徒进香团来到湄洲岛妈祖祖庙，并在此进行摄影。一次意外中，永吉失足落水，被湄洲姑娘杨秀湄救起。相处的日子里，两人渐渐默默相爱。然而，永吉的母亲无意间发现，秀湄竟是永吉的堂妹。为了避免悲剧发生，她毅然阻止两人继续交往。秀湄心如死灰，永吉也陷入深深的痛苦之中。
就在两人以为一切走到尽头时，秀湄的父亲讲述了一段深藏心底、离奇而又令人动容的往事，也让这段跨越海峡、延续数十年的亲情与缘分逐渐浮出水面。
