反恐特战队队长钟原在一次行动中击毙猛犸组织的二号人物，因此招致对方疯狂报复。为营救妻子赵欣，他深入险境，却被注射病毒，身体和精神都承受着巨大折磨。与此同时，DK生物公司董事长江寒邀请自己的初恋赵欣——一名生化专业高材生——以及她的父亲参与公司“有益菌”研究。得知这一情况后，反恐指挥中心应T国请求，决定派遣“专家”潜入DK生物公司调查。刚刚痛失爱子的赵欣主动请缨，选择“退出现役”，冒险潜入敌方内部。随着一连串恐怖事件接连发生，隐藏在背后的“新纪元计划”逐渐显现。即便饱受病毒带来的病痛折磨，钟原仍带领乔大鹏、麦萌萌等特战队员展开绝地反击，并在赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪协助下，最终粉碎恐怖组织策划的连环阴谋与生化袭击，揭开江寒借助“有益菌”制造病毒的真实目的。
