1949年，解放军和平解放新疆，新疆军区随之成立，甘祖昌出任后勤部副部长。当时，敌特势力唆使投机倒把分子扰乱新疆市场，囤积垄断黄金、银圆，妄图从经济上困住解放军。甘祖昌以低价将银圆投入流通市场，有力打击了奸商的嚣张气焰，稳定了物价和市场，也稳住了新疆的局势。为报复甘祖昌，敌特分子制造车祸，致使他头部重伤。
1955年，甘祖昌被授予少将军衔，而与他同村、同时入伍的李保山只获授校级军衔。心生嫉妒的李保山因违纪被解职返乡。此时，甘祖昌的脑震荡后遗症日益严重，加上回乡期间看到家乡虽然已经解放，百姓生活却依然贫困，便主动申请离开部队，解甲归田，回到江西莲花县沿背村。
回乡后，甘祖昌不辞辛劳地投身家乡建设，克服重重困难，整治水旱田、修建水库、创办公社农科所，努力推动农业发展，使农民生活得到明显改善。他不眷恋高位，选择扎根农村、服务乡亲；不贪图享受，始终甘于奋斗，最终成为领导干部学习的楷模和时代的先锋。
