《征服2003》讲述了发生在衡州市的一场黑帮恩怨。2001年4月28日晚，毗邻闹市区的范光胡同巷口突发枪案，市公安局分管刑侦工作的副局长徐国庆（石兆琪饰）接到报案后迅速赶往现场。随着调查深入，警方发现死者吴天身份复杂，曾与多人结下深仇。徐国庆据此判断，这很可能是一桩牵涉黑势力团伙纠纷的仇杀案。
警方随即展开全面追捕，沿着江湖恩怨的线索抓获了一批在衡州横行的黑团伙成员，却始终没有找到制造“4·28”枪案的幕后凶手。与此同时，刘华强（孙红雷饰）正加紧实施自己的罪恶计划。衡州市某房地产公司老板李丽（江珊饰）得知吴天遇害后惊恐不安，主动约刘华强见面。为了保护妹妹李梅（刘威葳饰），李丽提出带她离开，却遭到李梅拒绝。就在警方调查陷入僵局之时，刘华强又将目标锁定了另一个人。一场围绕追捕与反追捕、复仇与阻止复仇展开的较量就此拉开帷幕。
