《谍战之特殊较量》讲述了国民经济持续发展、国防事业不断取得突破的背景下，一场围绕K2导弹制导系统展开的惊险较量。随着该系统成功研发并即将投入演习，海外势力为阻挠中国复兴，策划了一起针对搭载中央领导专机的暗杀行动。专机险些因事故坠毁，调查后确认这并非意外，而是蓄意谋划的袭击。
长平集团113研究所即将完成的K2导弹制导系统，成为神秘势力觊觎的目标。面对关系国家安全的重大案件，安全厅侦察处长邱枫（黄海波 饰）临危受命，带领反间谍小组展开追查。经过分析，他们发现A国AG情报局已派出间谍，准备实施一系列破坏活动，而神秘的皇牌间谍X先生正潜伏在长平市某处，伺机发动行动。
为了确保演习顺利进行，邱枫等人与时间赛跑，竭力查找X先生的踪迹；与此同时，X先生正密谋炸毁导弹制导系统。一场关乎国家安全的特殊较量就此展开，任何一个疏忽都可能带来严重后果。
