《惊天动地2006》讲述了发生在南隍县东郊龙骨村的一起离奇文物失窃案。龙骨村偏僻落后，村中的安佛寺供奉着一尊魏晋时期的石佛。这尊石佛重达一点五吨，造型雄伟、栩栩如生，是国家一级保护文物。可就在一个清晨，村民们突然发现，这尊守护当地数千年的石佛竟在一夜之间神秘消失。
文物组赶到现场后，没有找到任何犯罪嫌疑人留下的痕迹，唯一令人费解的线索是：盗贼在搬走石佛之前，竟然虔诚地向大佛上香，祈求盗佛成功。经过分析，文物组推断这可能是一起团伙作案，作案过程中需要大型交通工具，而且本地人作案的可能性较大。围绕这三个方向，办案人员展开了细致而漫长的摸排侦查。
然而，龙骨村地处偏远，村民生活贫困，部分人愚昧或贪婪，调查取证过程困难重重。有的村民甚至与走访民警讨价还价，要求民警先帮忙教育自己的女婿，才愿意提供线索。类似令人哭笑不得的情况屡屡发生，让案件调查变得异常曲折。
经过一段时间的艰苦工作，民警终于获得了两条重要线索：一是本村曾有过两劳经历的狗三嫌疑较大；二是有村民声称，曾在村里见过一辆盖着帆布的东风客车。文物组随即根据村民对这辆车的记忆，继续展开调查。
