《失踪的上清寺》讲述了台湾女孩徐敏来到重庆后的奇遇。她刚下飞机便遭遇抢劫，幸亏重庆青年潘天棒及时出手相救。徐敏请求潘天棒和重庆人老罗带她前往上清寺，二人却告诉她，上清寺早已不复存在。得知此事后，徐敏焦急万分。为了帮助她找到这座“失踪”的上清寺，潘天棒和老罗答应陪她展开调查。
三人历经周折，终于找到曾在上清寺修行的高道人。然而，高道人将一个神秘的“十二时盘”交给徐敏后，竟离奇身亡。原来，徐敏此次前来重庆，是为了寻找数十年前爷爷徐尊遗留下的一座秘密宝藏。随后，三人结识了熟悉重庆往事的老曾，四人一同踏上寻宝之路。与此同时，两派神秘的夺宝人也接连出现。四人屡遭袭击，却总能在关键时刻得到高人相助，化险为夷。
相处日久，潘天棒与徐敏渐生情愫，但他们也开始怀疑彼此的真实身份。徐敏其实是冒名顶替者，她的原名叫孟小青。潘天棒也并非普通的说书艺人，他的父亲曾是重庆颇有名望的文物鉴赏家，多年前却遭人陷害。多年来，潘天棒始终暗中追查陷害父亲的幕后黑手。
随着“十二时盘”的秘密逐步揭开，两派夺宝者也变得越来越疯狂，四人始终处于危险之中。最终，在最后一个藏宝地点，各方人马全部汇聚。潘天棒成功将夺宝者困住，并揭开了他们的真实身份：除“军统”一派外，另一派夺宝者其实是重庆最大的文物贩卖集团，而隐藏在其背后的头目，正是老曾。更令人震惊的是，老曾也是当年陷害潘天棒父亲的真正元凶。
徐敏和潘天棒打开藏宝密室后，发现徐尊爷爷留下的书信。半个多世纪过去，信件依旧静静地躺在那里。信中揭示了宝藏真正的秘密：在战火纷飞的重庆，曾有一群人始终默默守护着这座城市和她的百姓，他们就是上清寺的道人、后人，以及所有关心上清寺的人士。徐尊偶然与他们结缘，深受感动，曾许诺待天下太平后重建上清寺，却没想到这一等便是半个多世纪。
最终，老曾及其手下受到应有的惩罚，老罗也在这段寻宝经历中领悟了生活的真谛。得知徐尊留下的宝藏真意后，徐敏决定返回台湾，以告慰爷爷在天之灵，而潘天棒对她早已情深难舍。
