承接第一季结尾尚未揭晓的“法棍大赛”悬念，《奇葩料理大作战第二季》将故事带入更加紧张刺激、谜团重重的篇章。整季剧情围绕“四大核心谜团”展开。
首先是药检风波。巴黎美食界最高赛事——法棍大赛即将拉开帷幕，“菜鸟学徒”严小咪原本就为了备赛忙得不可开交，却意外卷入药检风波，陷入诚信危机，也让她追寻美食梦想的道路充满变数。
其次是初夜之谜。严小咪来到巴黎的初衷，是为了追寻自己的男神，没想到自己的“初夜”却与房东奥斯卡产生了关联。面对这场令人震惊的“初夜罗生门”，单纯的小咪将面临难以跨越的情感关卡。
第三个谜团是卖校危机。由于奥斯卡的突然介入，小咪的感情关系变得愈发复杂；与此同时，她的男神小尚似乎站在神经料理学校董事会“卖校阴谋”的边缘，态度暧昧不明，甚至疑似发生转变。小咪最终的感情归属也因此变得扑朔迷离。
第四个谜团则与镇校之宝有关。从预告片来看，校董卖校一事还牵扯出……
