《少年有点酷》中，校园课外活动在合唱团伙伴们的共同努力下终于恢复了。然而，校董植念很快又想出了新的计谋，暗中推动多个社团为了刷票陷入混战。为了实现对学生的统一管理，她还发明了“智能手环”，试图掌控学生校园生活的方方面面。
与此同时，孩子们各自的成长烦恼也逐渐浮现。周沫因嗓音偏女声、体型微胖而感到自卑；高诗远始终无法说清自己对孙天圣那份莫名的情愫；格桑急需一笔数额不小的奖学金，只得无奈转学到光明中学；艾晓欣与三个身份不明的女子混在一起，并不愿让其他伙伴知晓。更令人不安的是，一张没有名字的癌症化验单，让大家第一次真切感受到死亡的存在，也由此陷入恐惧之中。
