《女娲传说之灵珠》讲述了跨越三千年时空的前世今生之恋。
丁瑶今年22岁，是考古学家丁勉博士的女儿，也是一名历史系学生。她原本是三千年前女娲传人仙乐的转世，却始终 unaware of this secret。丁瑶外貌和资质都很普通，打扮后却十分漂亮，是个性格开朗、乐观的女孩。一次，她协助父亲研究南越古洞中出土的九星轮时，意外误入其中，穿越回三千年前，并在古洞里遇见了被封印的问天。
丁瑶救出问天后，得到了一件令天下群妖闻风丧胆的镇妖瓶。消息传开，各路妖魔纷纷前来争夺。混乱之中，镇妖瓶破碎，化为九颗灵珠散落四方，三界也因此陷入震动。为了弥补自己的过失，丁瑶决定与问天携手寻找九灵珠，一段纠缠前世今生的爱情也由此展开。
三千年前，仙乐是上古大神女娲的嫡传弟子，也是南越国的大祭祀，兵器为仙笛。眼见人间动荡、妖魔横行，她怀着慈悲之心，请求天帝允许自己下界拯救苍生。仙乐在人间斩妖除魔，并从女娲神殿请出镇妖瓶，最终平息三界祸乱，使人间重归太平。由于眷恋人间，她又请旨留在人界，成为南国大祭祀，继续守护百姓、驱逐妖魔。
直到遇见问天，仙乐第一次体会到爱情的滋味。正当她准备放弃神籍，与问天长相厮守之时，一场阴谋悄然发生。
