《西藏秘密》以20世纪三四十年代的西藏为背景，通过藏人讲述藏人的方式，力求真实呈现当时的风土人情与日常生活。剧集围绕扎西顿珠展开，讲述了他为推翻西藏农奴制度而走过的传奇一生。
十三世达赖喇嘛圆寂后，西藏上层大领主之间爆发了激烈的权力争斗，其中德勒噶伦与仁钦噶伦的矛盾尤为尖锐。狡猾的仁钦噶伦设下圈套，使德勒一方遭受重创。身患重病的德勒最担忧的，是即将从印度返回拉萨的儿子的安危。与此同时，云游僧人扎西顿珠（郭晓冬饰）也踏上了从印度归来的路途，并意外遇到了一个与自己容貌相似的德勒少爷。此时的他还不知道，一场秘密的掉包计划正在悄然酝酿，而西藏的命运也将在不久之后发生翻天覆地的变化。
