《手里剑战队忍忍者》的故事始于战国时代。以恐怖统治天下、凶恶至极的武将牙鬼幻月遭到伊贺崎家率领的忍者们奋勇讨伐，最终败北。然而，牙鬼幻月在消失前留下了不祥预言：444年后，他将化身妖怪复活，再度以恐怖支配天下。
岁月流转，终结忍者伊贺崎好天与复活的牙鬼幻月展开决战，并成功将其封印。时至现代，牙鬼幻月的封印意外解除，他的怨念孕育出众多妖怪。这些妖怪组成牙鬼军团，为了让牙鬼幻月彻底复活，四处收集人们的恐惧，并不断袭击无辜的人们。
危急关头，五名年轻人挺身而出。他们是伊贺崎家的后裔，也是终结忍者伊贺崎好天的孙子们。继承祖父的忍者血脉与称号，他们凭借炽热的忍者之心和天马行空的忍术迎战妖怪。为了阻止牙鬼军团实现复活牙鬼幻月的计划，五人决定不再隐忍，而是向敌人发起猛烈反击。
