《X战警：进化第一季》讲述了查尔斯·弗朗西斯·泽维尔教授的故事。他拥有读取心灵的变种能力，一直寻找新的变种人，并在天才青少年学校训练他们正确运用自己的力量，帮助他们行善，同时避免变种人伤害自己或他人。
与泽维尔教授对立的，是能够操控磁力的万磁王。他同样在招募和培养变种人，却意图让他们走上邪恶之路。万磁王安排拥有变形能力的魔形女担任一所高中的负责人，以此聚集邪恶的变种人，为日后向非变种人发动战争做准备。故事最特别的地方在于，所有英雄与反派竟然都在同一所高中就读，善与恶之间的经典对决也由此再次展开。
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