《螺旋的迷宫：DNA科学搜查》讲述了东京都内发生的一起杀人案：死者身上留下了“X”的痕迹。原本负责调查此案的刑警安堂源次（安田显）却被排除在侦查之外，因为警方认为，凶手极有可能就是当年连续杀人案的犯人，而安堂的妻子正是那起案件的受害者。
于是，警方瞒着搜查本部，请被誉为天才科学家的神保仁（田中圭）协助调查。然而，神保对破案毫无兴趣，他天马行空的行为和言论也让安堂疲于应付。随着调查深入，两人逐渐培养出默契。这场由两名孤独之人展开的DNA追查，最终发现了一个连搜查本部都未曾察觉的关键痕迹。就在此时，杀人鬼X再次犯案，新的杀人事件随之发生。
