《再见，孩子们》讲述了二战末期的一段童年友谊。德国的反犹政策仍在持续，来自马赛的犹太男孩波奈特（拉法艾丽·弗托Raphael Fejtö 饰）在家破人亡后，被送往法国的一所学校就读。为了保护自己，他始终谨慎地隐藏着犹太人的身份，却因新生的身份屡遭同学捉弄，其中也包括出身富裕法国家庭的朱利安（加斯帕尔·马奈斯Gaspard Manesse 饰）。
波奈特和朱利安被安排成为室友。随着朝夕相处，朱利安逐渐发现，这个常被欺负的男孩与自己有着相投的兴趣，两人的关系也从最初的隔阂慢慢变得亲近，最终成为童年时期的好友。当朱利安从蛛丝马迹中猜出波奈特的犹太人身份后，他没有因此疏远对方，反而设法替他保守秘密。在孩子的世界里，真挚的友谊似乎足以超越政治带来的偏见与敌意。然而，残酷的成人世界终究还是闯入了波奈特的生活，保护犹太孩子的神父和波奈特最终都遭到了出卖。
