《古墓诡棺》讲述了前朝国师陵墓一夜之间遭人盗掘，墓中珍宝飞鸢珠不翼而飞。奉命镇守陵墓的锦衣卫天城因玩忽职守被治罪，危急之下，他向千户大人请求戴罪立功，承诺在三日之内找回宝物，否则甘愿接受惩罚。
天城循着飞鸢珠的线索展开调查，并结识了摘星楼花魁。经过几番交锋，他逐渐察觉飞鸢珠失窃之事与摘星楼有着千丝万缕的联系。然而，摘星楼背后牵扯着错综复杂的东厂宦官势力，使天城一时难以查明真相。与此同时，六扇门捕头正在调查城中少女接连失踪的案件，随着线索交汇，两人最终发现，少女失踪案与飞鸢珠被盗案都与东厂势力有关。
奉命缉拿督主后，天城与六扇门捕头展开了一场恶战。面对武功高强的督主，两人陷入危境，关键时刻，花魁挺身而出，最终与督主同归于尽。案件真相由此大白，天城也向千户大人复命，完成了三日戴罪立功的约定。
