《恐怖货轮》讲述了德国青年克里斯（Daniel Brühl 饰）的离奇遭遇。为了前往非洲旅行，却因没有钱且被警方扣下护照，他无奈之下跟随在酒馆结识的水手，偷偷登上一艘驶向非洲的货轮。
没过多久，克里斯便被船长布鲁克斯（Peter Mullan 饰）发现。船长对这个年轻人颇有好感，便安排他留在船上的厨房帮忙。起初，克里斯很快与船员们熟悉起来，但渐渐地，他察觉到众人似乎在刻意隐瞒某些事情。与此同时，船员们开始接连失踪。
在寻找失踪船员的过程中，克里斯意外发现了两名非洲偷渡客。为了躲避国际巡警的追查，船长下令将他们投入大海，而这一残酷决定，也让这艘货轮深藏的秘密逐步浮出水面……
