《神秘代码》的故事始于1959年的美国马萨诸塞州列辛顿。威廉道斯小学即将举行校庆，小女孩露辛达·安伯利（Lara Robinson饰）提出了一个特别的点子，并得到校长认可：让学生们画出自己对未来的想象，再将这些画作统一装进金属时间囊，埋入地下，等待50年后重新开启。
校庆当天结束后，行为异常的露辛达用鲜血在墙上写下一串诡异文字，还郑重地向老师发出警告。50年后的2009年，威廉道斯小学再次举办校庆，尘封地下半个世纪的时间囊终于被重新挖出。小男孩凯勒（Chandler Canterbury饰）拿到了一封属于露辛达的信，却发现里面没有画作，整张纸只有密密麻麻、毫无规律的数字。
凯勒的父亲约翰（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage饰）对这些数字产生了兴趣，并在夜晚展开研究。令他震惊的是，这并非普通的数字，而是一组具有预言性质的密码，其中清楚记录了过去50年间世界各地发生的重大灾难，同时还暗示着未来即将降临的灾难……
