《边境风云》的故事发生在中缅边境的云南小镇。叛逆女学生（高叶 饰）发现家中狗狗突然异常暴躁，便开始留意起刚搬来的陌生男子（杨坤 饰）。她不知道，对方其实是一名职业杀手，自己也因此险些陷入危险。关键时刻，身为缉毒警察的哥哥（张默 饰）及时赶到，制止并逮捕了杀手。案件调查过程中，警方意外发现了一条重大毒品犯罪线索，并由此牵出大毒枭（孙红雷 饰），以及一桩尘封十几年的疑案：牙医（倪大红 饰）当年无端卷入毒贩之间的争斗，混乱之中，他年幼的女儿被一名年轻毒贩掳走。多年后，这名因内部斗争失败的毒贩带着已经成年的失踪女孩（王珞丹 饰）返回云南小镇，准备完成他人生中的最后一次毒品交易。警察、毒贩、杀手与牙医父女的命运就此交织，一场充满危险的生死较量随之展开。
