《废柴特工》讲述了迈克（杰西·艾森伯格 Jesse Eisenberg 饰）的故事。作为一个不折不扣的宅男，他从未离开过自己生活的小镇。白天，迈克在超市做收银员；闲暇时，他沉浸在漫画创作中，却始终没有机会让自己笔下的角色和故事为大众所知。
迈克的女友是菲比（克里斯汀·斯图尔特 Kristen Stewart 饰），他最大的愿望，就是战胜内心的恐惧，带着菲比前往夏威夷度假。然而，平静的生活突然被打破，一波又一波神秘的变种人特工接连出现，目标竟是取走这个普通人的性命。随着危机不断升级，整个小镇和菲比的安全也被卷入其中。就在绝境之际，迈克体内潜藏的力量彻底觉醒，原本平凡的他摇身变成了凶狠无情的杀人机器。
