《电脑奇侠重启》将故事设定在近未来的日本。为推动社会发展，日本政要宣布启动旨在提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。心怀正义的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与了这项计划，却渐渐发现，项目负责人竟打着“ARK计划”的旗号，暗中研发军用机器人。
不久之后，光明寺博士离奇死于一场事故，留下正在读大学的女儿美津（佐津川爱美 饰）和尚未成年的儿子小胜（池田悠斗 饰）。一天夜里，姐弟俩遭到一群身份不明的人绑架，危急关头，一名神秘男子及时出手相救。然而，男子随后显露出战斗机器人的真实身份——他正是光明寺博士生前制造，并安装了良心回路的智能机器人次郎（入江甚仪 饰）。
从这一刻起，光明寺姐弟的命运与次郎紧紧交织在一起，而围绕“ARK计划”的更大危机与阴谋，也逐渐逼近他们。
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